全国真菌病监测网上海市监测中心由复旦大学附属华山医院抗生素研究所和皮肤科共同组成。抗生素研究所成立于1963年，是我国国家教育部（原国家教委）首批批准的传染病学科博士点，重点学科，211重点建设项目、国家卫健委抗生素临床药理重点实验室、首批卫生部确定的抗感染药临床药理基地、国家细菌耐药性监测中心（1988年）、国家临床重点专科。研究所（室）首任主任为蜚声中外的临床医学专家戴自英教授，第二任所长为汪复教授，第三任所长为张婴元教授，现为王明贵教授。研究所的各级医务人员在老一辈教授的谆谆教诲和指导下，几十年来在医疗、教学和科研工作中作出了显著成绩。2007研究所获全国三八红旗集体荣誉称号。

       抗生素研究所集临床、药理、微生物以及科研于一体，主要从事感染性疾病的诊断与治疗、抗感染药临床药理研究及临床评价和细菌耐药性防治研究，包括感染病病房、感染病门诊患者的诊治，以及院内、外疑难、危重感染性疾病的会诊和救治等。研究所同时承担了感染性疾病诊治、细菌耐药性防治和细菌耐药性机制研究等科研任务，是国家科技部重大专项和863项目的承担者，国家科技部九五攻关项目“国家抗感染新药临床试验研究中心”筹建已于2000年通过验收并正式成立，是国家抗感染药药品临床研究基地，“CHINET中国细菌耐药监测网”组长单位，全国细菌耐药监测网和全国真菌病监测网上海市监测中心。

      研究所承担了传染病学科的教学任务，为研究生开设大课，为医学院本科生授课，培养了大量博士和硕士生。研究所也承担了“药品临床研究”的培训工作，2005年为国家药品监督管理局设立在全国的六个培训中心之一（现为复旦大学上海医学院GCP培训中心），每年对200-500名来自全国各地的临床医师进行药品临床研究管理规范（GCP）培训。多年来研究所在感染性疾病诊治领域内，与国内外同行进行了广泛的学术交流，于1985年在上海成立了跨学科的感染化疗学会；自1995年起召开每两年一届的全国感染性疾病及抗微生物化疗学术会议；2020年牵头成立中华医学会细菌感染与耐药防治分会，为主任委员单位；2000年9月获准1995年创办的《抗感染化疗杂志》国内外公开发行，即《中国抗感染化疗杂志》，为临床医药工作者开展学术交流提供广阔的天地，以促进我国感染性疾病的诊治和抗微生物化疗水平的不断提高。

华山医院皮肤科真菌室创建于1952年，创建者为我国现代皮肤病学开拓者和奠基人之一杨国亮教授和我国著名医学真菌学家秦启贤教授。主要从事医学真菌的研究。除了直接参与皮肤科各种真菌病的检查、诊断和治疗外，还承担全院各科室和院外各种临床标本的真菌分离、培养和鉴定工作，是目前全国标本量最大的真菌实验室之一。擅长于各种浅部和深部真菌感染的诊断和治疗，尤其擅长于罕见真菌病的诊治。现为中国医学真菌保藏中心皮肤癣菌专业实验室。迄今经真菌室培训与进修的人员多达200余人，遍及全国各省市，并已连续10余年举办全国性的继续教育真菌学习班。

       真菌室现有工作人员8名、培养研究生20余名。主任技师章强强主持工作。秦启贤主编 “临床真菌学”，王家俊主编“临床真菌检验”及章强强主编“临床微生物学诊断与图解”。制订了“中国头癣诊断和治疗指南”。获奖项目有：卫生部二等乙级科技成果奖，上海市科技进步三等奖，上海市优秀职务发明二等奖，上海市医学科技进步三等奖，获得了国家自然科学基金及上海市科委基金项目。在国内外杂志上发表论文100余篇。